2023- 2025: OPSEC VK01010069 │ Využití analýzy druhového složení společenstev rozsivek (Bacillariophyceae) ve forenzní praxi
2022 - 2024: GA ČR 22-06374S │ Sjednocení systematiky sinic pomocí harmonizace polyfázické a genomové taxonomie
2019 - 2022: InterAction LTAUSA18 │ Fylogenetické zhodnocení obtížně kultivovatelných rodů sinic pomocí metody single-cell sequencing
2016 - 2018: IP 2016-18/28 │ Podpora odborné výuky a zapojení studentů do tvůrčí činnosti: vytvoření publikace Atlas sinic a řas ČR I a II.
2015 - 2017: GA ČR 15-11912S │ Fylogenetické vymezení rodů sinic pomocí multilokusové analýzy typových druhů
2012 - 2014: AMVIS/KONTAKT II │ Diversita sinic tropických a subtropických biomů
2008 - 2010: GA ČR 206/08/0318 │ Fylogenetické vztahy, diverzita a ekologie heterocytózních cyanobakterií s polarizovanou stélkou
2005: FRVŠ 2005/2221 │ Epilitické cyanobakterie jižních Čech
2009 - dosud: Monitoring výskytu parožnatek v ČR - zadavatel: AOPK ČR
2016 - 2019: Sinice a řasy CHKO Brdy - zadavatel: AOPK ČR