Použití přírodní vody jako kultivačního média může být vhodné pro iniciální izolace, protože organismus se bude nacházet ve svém “přirozeném prostředí”. Využita může být jak sladká, tak mořská voda, která se nejdříve přečistí nahrubo od větších částic (různé typy filtračních papírů, filtry s aktivním uhlím apod.) a následně sterilizuje filtrací přes 0,22 μm filtr. Velkou nevýhodou je naprostá nedefinovatelnost tohoto typu média a také jeho nevhodnost pro dlouhodobé udržováním kultur, především z důvodu, že se kvalita vody různě proměňuje v závislosti na mnoha parametrech, stejně tak může docházet u již sterilního média k postupné degradaci v něm přítomných především organických látek. Sterilní voda z lokality může být využívána také při různých ekofyziologických pokusech.
Pro potřebu izolace zájmové sinice nebo řasy se často přírodní média obohacují jako příprava na následnou izolaci (viz Kapitola 4.1.)