lIDÉ

1989 - 1992: nejprve velmi, ale velmi neúspěšné hostování na Universitě Palackého v Olomouci

1992 - 1995: bakalářské studium - Biologická fakulta JU v Českých Budějovicích

1995 - 1997: magisterské studium - Biologická fakulta JU v Českých Budějovicích

1998 - 2002: doktorské studium - Biologická fakulta JU v Českých Budějovicích

2011: habilitace - Přírodovědecká fakulta JU v Českých Budějovicích 

2021: jmenování profesorem - Přírodovědecká fakulta JU v Českých Budějovicích 

taxonomie sinic - zejména kombinace klasické taxonomie a molekulárně-biologických metod

ekologie sinic a řas z extrémních biotopů, se zvláštním přihlédnutím k venezuelským stolovým horám 

1998 - 1999: Botanický ústav AVČR v Třeboni

2002 - 2004 a 2009 - 2010: Ústav půdní biologie AV ČR

2001 - dosud: katedra botaniky PřF (dříve BF) JU, vede (ev. spolupodílí se na vedení) cvičení a kurzů Fykologie/Algologie, Speciální fykologie, Základy ekologie řas a sinic, Algologický seminář pro pokročilé, Hydrobiologická exkurze a Terenní cvičení z biologie mořských organizmů.

člen redakční rady časopisů Fottea (od 2012) a Nova Hedwigia (od 2015)

2005 - dosud: šéf Organizing Committee a přednášející každoročního (víceméně) Determination Course of  Cyanobacteria, České Budějovice.

2018: pracovní pobyt v Phycology Lab, Department of Biology, John Carroll University, Cleveland, Ohio, U.S.A.

2017: člen mezinárodní expedice na stolové hory Ptari, Amurí a Apacará, Venzuela

2015: člen mezinárodní expedice na stolovou horu Akopán, Chimanta Massive, Venezuela

2015: spolupřednášející na The determination course of planctic Cyanobacteria, Oggione, Italy

2012: člen mezinárodní expedice “Zuna“ na stolovou horu Churí, Chimanta Massive, Venezuela

2010: šéf Organizing Commitee 18th Symposium of International Association of Cyanobacterial Research

2009: srpen, pracovní pobyt ve Phycology Lab, Department of Biology, John Carroll University, Cleveland, Ohio, USA

listopad 2004: pracovní pobyt na Institut of Botany, Sao Paulo, SP, Brazílie

2002 - 2004: zaměstnán na grantu COBRA (The Conservation of a Vital European Scientific & Biotechnological Resource, Microalgae & Cyanobacteria). Project of European Commision, Quality of Life and Management of Living Resources, 5th Framework Programme Project No. QLRT-2000-01645 Research Infrastructures Biological Collections (nositel Dr. A. Lukešová)

2002 - 2005: zaměstnán na grantu Polyphasic characterization and phylogenic classification of the problematic form-genus Leptolyngbya (Cyanobacteria), NSF prop. No. 0206360 (USA), nositel. Prof. J. R. Johansen, Ph.D., John Carroll University, Cleveland, Ohio, USA

2001 březen - duben a říjen - prosinec: pracovní pobyt ve Phycology Lab, Department of Biology, John Carroll University, Cleveland, Ohio, USA

leden - únor 2000: botanická expedice na Roraima Tepui, Venezuela (grant Sigma-Xi)

listopad - prosinec 1999: pracovní pobyt na Duke University Wetland Centre, Nicholas School of the Environment and Earth Sciences, Durham, North Carolina, USA

Luz R, Cordeiro R, Kaštovský J, Johansen JR, Dias E, Fonseca A, Urbatzka R, Vasconcelos V, Gonçalves V (2023): New terrestrial cyanobacteria from the Azores Island: description of Venetifunis gen. nov. and new species of Albertania, Kovacikia and Pegethrix. Phycologia 62(5): 483-498, https://doi.org/10.1080/00318884.2023.2259243. 

Luz R, Cordeiro R, Kaštovský J, Johansen JR, Dias E, Fonseca A, Urbatzka R, Vasconcelos V, Gonçalves V (2023): Description of four new filamentous cyanobacteria taxa from freshwater habitats in the Azores archipelago. Journal of Phycology 1-16, https://doi.org/10.1111/jpy.13396.

Kaštovský J (2023): Welcome to the jungle! – an overview of modern taxonomy of Cyanobacteria. Hydrobiologia https://doi.org/10.1007/s10750-023-05356-7.

Kaštovský J, Johansen JR, Hauerová R, Akagha MU (2023): Hot is rich – an enormous diversity of simple trichal cyanobacteria from Yellowstone hot springs. Diversity 15(9): 975. https://doi.org/10.3390/d15090975.

Pokorný, J., Štenclová, L., Kaštovský, J. (2023): Unsuspected findings about phylogeny and ultrastructure of the enigmatic cyanobacterium Microcrocis geminata resulted in its epitypification and novel placement in Geminocystaceae. Fottea 23(1): 110-121.  https://doi.org/10.5507/fot.2022.016

Audy M, Bruthans J, Kaštovský J, Bouda R (2023): Atmos – nová hypogenní jeskyně (Shpella Avulit), Albanie. Speleofórum 42: 71-78.

Juráň J, Kubín J, Kaštovský J (2022): Oligo-mezotrofní rybníky: centra biodiverzity a refugia pro sinice a řasy? Živa 5/2022: 239 - 242

Brito Â, Rocha M, Kaštovský J, Vieira J, Vieira CP, Ramos V, Correia M, Santos M, Mota R, Roque J, Pissarra J, Rocha M, Melo P, Tamagnini P (2022): A new cyanobacterial species with a protective effect on lettuce, grown under salinity stress: Envisaging sustainable agriculture practices.  Journal Applied Phycology 34: 915–928. https://doi.org/10.1007/s10811-022-02692-4 

Hauerová R, Hauer T, Kaštovský J, Komárek J, Lepšová-Skácelová O, Mareš J (2021):  Tenebriella gen. nov. – the dark twin of Oscillatoria. Molecular Phylogenetics and Evolution 165: 107293.

Maredová N, Altman J, Kaštovský J (2021): The effects of macrophytes on the growth of bloom-forming cyanobacteria: Systematic review and experiment. Science of the Total Environment 792: 148413.

Kaštovský J, Hauer T, Komárek J (2021): Cyanobacteria on rock surfaces. In: Büdel B, Friedl T: Life at Rock Surfaces Challenged by Extreme Light, Temperature and Hydration Fluctuations. In: Wagner D:  Life in Extreme Environments Vol. 9. Walter de Gruyter GmbH, Berlin/Boston, ISBN 978-3-11-064261-2., 87-139 pp.   

Kaštovský J, Hauer T, Bešta T (2020): Výsledky algologického průzkumu v tekoucích vodách CHKO Kokořínsko-Máchův kraj. Bohemia Centralis 36: 211-251.

Kaštovský J, Hauer T, Bešta T (2019): Flóra sinic a řas CHKO Brdy II. – tekoucí vody. Bohemia Centralis 35: 223–253.

Hauer T, Kaštovský J, Bešta T (2019): Flóra sinic a řas CHKO Brdy I. – stojaté vody. Bohemia Centralis 35: 169–222.

Kaštovský J, Fučíková K, Veselá J, Brewer Carías Ch, Vegas-Vilarrúbia T (2019):  Algae.  In: Rull V, Vegas-Vilarrúbia T, Huber O, Señaris C (eds.). Biodiversity of Pantepui, the pristine ‘Lost World’ of the Neotropical Guiana Highlands. Elsevier, Cambridge, 95-120. ISBN 978-0-12815-591-2.

Juráň J, Kaštovský J (2019): Do we need a redlist of algae? A way to compile of the red list of algae and cyanobacteria of the Czech Republic - Euglenophyta model. Biodiversity and Conservation. 28(10): 2499-2529. DOI: https://doi.org/10.1007/s10531-019-01792-x  

Mareš J, Johansen JR, Hauer T, Zima JJr, Ventura S, Cuzman O, Tiribilli B, Kaštovský J (2019): Taxonomic resolution of the genus Cyanothece (Chroococcales, Cyanobacteria), with a treatment on Gloeothece and three new genera, Crocosphaera, Rippkaea, and Zehria. Journal of Phycology 55(3): 578-610. DOI: 10.1111/jpy.12853

Kaštovský J, Hauer T, Geriš R, Chattová B, Juráň J, Lepšová-Skácelová O, Pitelková P, Pusztai M, Škaloud P, Šťastný J, Čapková K, Bohunická M, Mühlsteinová R (2018): Atlas sinic a řas ČR 1. powerprint, Praha, 384 s.

Kaštovský J, Hauer T, Geriš R, Chattová B, Juráň J, Lepšová-Skácelová O, Pitelková P, Pusztai M, Škaloud P, Šťastný J, Čapková K, Bohunická M, Mühlsteinová R  (2018): Atlas sinic a řas ČR 2. powerprint, Praha, 480 s.

Aguilera A, Berrendero EG, Kaštovský J, Echenique R,  Salerno GL (2018): The polyphasic analysis of two native Raphidiopsis isolates supports the unification of the genera Raphidiopsis and Cylindrospermopsis (Nostocales, Cyanobacteria). Phycologia 57 (2): 130-146.

Štenclová L, Fučíková K, Kaštovský J, Pažoutová M (2017): Molecular and morphological delimitation and generic classification of the family Oocystaceae (Trebouxiophyceae, Chlorophyta). Journal of Phycology 53: 1267-82.DOI: 10.1111/jpy.12581

Brito A, Ramos V, Mota R, Lima S, Santos A, Vieira J, Vieira CP, Kaštovský J, Vasconcelos VM, Tamagnini P (2017): Description of new genera and species of marine cyanobacteria from the Portuguese Atlantic coast. Molecular Phylogenetic and Evolution 111: 18-34, DOI:10.1016/j.ympev.2017.03.006).

Vondrášková A, Fibich P, Lepš J, Kaštovský J (2017): Determinants of cyanobacterial species composition in the splash zone of two Croatian islands. European Journal of Phycology 52(2): 179-189. http://dx.doi.org/10.1080/09670262.2016.1246673.

Berrendero EG, Johansen JR, Kaštovský J, Bohunická M. Čapková K (2016): Macrochaete gen. nov.  (Cyanobacteria). Journal of Phycology 52: 638–655. DOI: 10.1111/jpy.12425

Kaštovský J, Juráň J (2016): Evoluce sinic a řas v moderním pojetí. Živa 6: CXXXIII – CXXXVI.

Juráň J, Kaštovský J (2016): Nový pohled na systém řas a jak ho učit. Živa 6: 299-301.

Zapomělová-Kozlíková E, Chatchawan T, Kaštovský J, Komárek J (2016): Phylogenetic and taxonomic position of the genus Wollea (compared with Anabaena sensu stricto), and description of Wollea salina sp. nova (Cyanobacteria). Fottea 16(1): 43-55, DOI: 10.5507/fot.2015.026

Kaštovský J, Veselá J, Bohunická M, Fučíková K, Štenclová L,  Brewer-Carías Ch. (2016): New and unusual species of cyanobacteria, diatoms and green algae, with a description of a new genus Ekerewekia gen. nov. (Chlorophyta) from the table mountain Churí-tepui, Chimantá Massif (Venezuela). Phytotaxa 247 (3): 153-180. http://dx.doi.org/10.11646/phytotaxa.247.3.1

Mariani MA, Padedda BM, Kaštovský J, Buscarinu P, Sechi N, Virdis T, Lugliè A (2015): Effects of trophic status on microcystin production and the dominance of cyanobacteria in the phytoplankton assemblage of Mediterranean reservoirs. Scientific Reports 5:17964. DOI:10.1038/srep17964

Hauer T, Mühlsteinová R, Bohunická M, Kaštovský J, Mareš J (2015): Diversity of cyanobacteria on rock surfaces. Biodiversity and Conservation DOI: 10.1007/s10531-015-0890-z

Mareš J, Lara Y, Dadáková I, Hauer T, Uher B, Wilmotte A, Kaštovský J. (2015): Phylogenetic analysis of cultivation-resistant terrestrial cyanobacteria with massive sheaths (Stigonema spp. and Petalonema alatum, Nostocales, Cyanobacteria) using single-cell and filament sequencing of environmental samples. Journal of Phycology 51: 288-297. DOI: 10.1111/jpy.12273

Komárek J, Kaštovský J, Mareš J, Johansen JR (2014): Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014 using a polyphasic approach. Preslia 86(4): 295-235.

Preusz M, Beneš J, Kovačiková L, Kočár P, Kaštovský J (2014): What Did They Eat, What Did They Drink, and from What? An Interdisciplinary Window into Everyday Life of the Early Modern Burgher’s Household in Český Krumlov (Czech Republic). IANSA 5(1).

Kaštovský J, Berrendero EG, Hladil J,  Johansen JR (2014): Cyanocohniella calida gen. et sp. nov. (Cyanobacteria: Aphanizomenonaceae) a new cyanobacterium from the thermal springs from Karlovy Vary, Czech Republic. Phytotaxa 181(5): 279–292.  http://dx.doi.org/10.11646/phytotaxa.181.5.3

Kaštovský J, Hauer T, Mareš J, Skácelová O (2014): Vetřelci ve vodě aneb invazní řasy a sinice. Živa 2/2014: 59-61.

Ferreira V, Branco LHZ, Kaštovský J (2013): True branched nostocalean Cyanobacteria from tropical aerophytic habitats and molecular assessment of two species from field samples. Revista de Biologia Tropical 61 (1): 455-466.

Sant’Anna CL, Kaštovský J, Hentschke GS, Komárek J (2013): Phenotypic studies on terrestrial stigonematacean Cyanobacteria from the Atlantic Rain Forrest, Sao Paulo State, Brazil. Phytotaxa 89(1): 1-23.

Engene N, Rottacker EC, Kaštovský J, Komárek J, Elisman MH, Gerwick WH, Paul V (2012): Taxonomic Revision of Marine Cyanobacteria to Facilitate Natural Products Discoveries and Harmful Algae Bloom Monitoring. Journal of Phycology 48, Special Issue: 26-26.

Engene N, Rottacker EC, Kaštovský J, ByrumT, Choi H, Ellisman MH, Komárek J, Gerwick WH (2012): Moorea producta gen. nov., sp. nov. and Moorea bouillonii comb. nov., tropical marine cyanobacteria rich in bioactive secondary metabolites. International Journal of Systematic and  Evolutionary  Microbiology 62(5): 1171-1178.

Perkerson RBIII, Johansen JR, Kováčik L, Brand J, Kaštovský J, Casamatta DA (2011): A unique Pseudanabaenalean (Cyanobacteria) genus Nodosilinea gen. nov. based on morphological and molecular data. Journal of Phycology 47(6): 1397 - 1412.

Komárek J, Kaštovský J, Jezberová J (2011): Phylogenetic and taxonomic delimitation of the cyanobacterial genus Aphanothece and descriptions of  Anathece gen. nov. European Journal of Phycology 46(3): 315-326.

Kaštovský J, Fučíková K, Hauer T, Bohunická M (2011): Microvegetation on the top of Mt. Roraima, Venezuela. Fottea 11 (1): 171-186.

Zammit G, Billi D, Shubert E, Kaštovský J, Albertano P (2011): The biodiversity of subaerophytic biofilms from Maltese hypogea. Fottea 11(1): 187-201.

Johansen JR, Kováčik L, Casamatta DA, Fučíková K, Kaštovský J (2011): Utility of 16S-23S ITS sequence and secondary structure for recognition of intrageneric and intergeneric limits within cyanobacterial taxa: Leptolyngbya corticola sp. nov. (Pseudanabaenaceae, Cyanobacteria). Nova Hedwigia 92(3-4): 283-302.

Sant’Anna CL, Azevedo MTP, Fiore MF, Lorenzini AS, Kaštovský J, Komárek J (2011): Subgeneric diversity of Brasilonema (Cyanobacteria, Scytonemataceae). Revista Brasileira Botanica 34(1): 51-62.

Zammit G, Kaštovský J,  Albertano P (2010): A first cytomorphological and molecular characterisation of a new Stigonematalean cyanobacterial morphotype isolated from Maltese catacombs. Algological Studies 135(1): 1-14.

Kaštovský J, Hauer T, Mareš J, Krautová M, Bešta T, Komárek J, Desortová B, Heteša J, Hindáková A, Houk V, Janeček E, Kopp R, Marvan P, Pumann P, Skácelová O, Zapomělová E (2010): A review of the alien and expansive species of freshwater cyanobacteria and algae, a case study from the Czech Republic. Biological Invasions 12: 3599-3625.  

Sant’Anna CL, Azevedo TMP, Kaštovský J, Komárek J (2010): Two form–genera of aerophytic heterocytous cyanobacteria from Brasilian rainy forest „Mata Atlântica”. Fottea 10(2): 217-228.

Kaštovský J, Hauer T, Komárek J, Skácelová O (2010) : The list of cyanobacterial species of the Czech Republic to the end of 2009. Fottea 10(2): 235–249.

de los Ríos A, Valea S, Ascaso C, Davila A, Kaštovský J, McKay ChP, Gómez-Silva B,  Wierzchos J (2010): Comparative analysis of the microbial communities inhabiting halite evaporites of the Atacama Desert. International Microbiology 13:79-89.

Komárek J, Kaštovský J, Ventura S, Turicchia S, Šmarda J (2009): The cyanobacterial genus Phormidesmis. Archiv für Hydrobiologie/ Algological Studies 129 (1): 41-59.

Bomfleur B, Krings M,  Kaštovský J, Kerp H (2009.): An enigmatic non-marine thalloid organism from the Triassic of East Antarctica. Review of Palaeobotany and Palynology 157 :317-325.

Korelusová J, Kaštovský J, Komárek J (2009): Heterogeneity of the cyanobacterial genus Synechocystis  and description of a new genus Geminocystis. Journal of Phycology 45(4) 928-937.

Fučíková K, Kaštovský J (2009): Vincularia roraimae (Zygnematophyceae, Desmidiales), gen. et sp. nov. from the top of Mt. Roraima, Venezuela. Nova Hedwigia 88(1-2): 49-56.

Kaštovský J (2008): A report of Stephanosphaera pluvialis Cohn 1852 (Chlorophyta, Chlamydophyceae). Fottea 8/2: 109-110.

Margheri MC, Ventura S, Kaštovský J, Komárek J (2008): The taxonomic validation of the cyanobacterial genus Halothece. Phycologia 47:4777-486.

Mareš J, Kaštovský J, McGregor G, Komárek J (2008): The little known pseudofilamentous cyanobacterium Wolskyella (Synechococcales). Nova Hedwigia 87(1-2): 221-230.

Kaštovský J, Johansen JR (2008): Mastigocladus laminosus(Stigonematales, Cyanobacteria): phylogenetic relationship of strains from thermal springs to soil-inhabiting genera of the order and taxonomic implications for the genus. Phycologia 47: 307–320.

Kaštovský J, Řeháková K, Bastl M, Vymazal J, King RS(2008): Experimental Assessment of Phosphorus Effects on Algal Assemblages in Dosing Mesocosms. In: Richardson C. (ed.): The Everglades Experiments, 465-479 p, Springer.

Vymazal J, Komárková J, Řeháková K, Kaštovský J, Bastl M (2008): Algal Responses to Long-Term Nutrient Additions. In: Richardson C. (ed.): The Everglades Experiments, 263-277 p, Springer.

Fiore MF, Sant’Anna CL, Azevedo MTP, Komárek J, Kaštovský J, Sulek J, Lorenzini AS (2007): The Cyanobacterial genus Brasilonema gen.nov., a molecular and phenotypic. Journal of Phylcology 43: 789-798.

Kaštovský J, Štech M (2006): Botanické krásy Jadranu – podstavec potravní pyramidy. Živa 2: 60-62.

Kaštovský J, Lhotský O. (2006): Review Abbot, I.A., McDermid K.J. (eds.) 2004: Taxonomy of economic seaweeds, with reference to the Pacific and other location.-Vol IX. Archiv fur Hydrobiologie/Algological Studies 121: 137-139.

Kaštovský J, Heteša J, Komárek J, Marvan P (2006): Enteromorpha linza (Linnaeus) Agardh 1883. In: Mlíkovský J. & Stýblo P. (eds.): Nepůvodní druhy fauny a flóry České Republiky, Praha ČSOP, 16 p.

Kaštovský J, Komárek J, Zapomělová E (2006): Pediastrum simplexMeyen 1829. In: Mlíkovský J. & Stýblo P. (eds.): Nepůvodní druhy fauny a flóry České Republiky, Praha ČSOP, 16 -17 pp.

Kaštovský J (2006): Pleodorina indica (Iyengar) Nozaki 1989. In: Mlíkovský J. & Stýblo P. (eds.): Nepůvodní druhy fauny a flóry České Republiky, Praha ČSOP, 17-18 pp.

Hoffmann L, Kaštovský J, Komárek J (2005): Proposal of cyanobacterial system-2004. In: Büdel, B., Gärtner, G., Krienitz, L & Schagerl, M. (eds.): Süβwasserflora von Mitteleuropa, 19/2; Komárek, J.& Anagnostidis, K.: Cyanoprokaryota, 2. vol: Oscillatoriales. 657- 660 pp.

Hoffmann L, Komárek J, Kaštovský J (2005): System of cyanoprokaryotes (cyanobacteria) – state in 2004. Archiv fur Hydrobiologie / Algological Studies 117

Komárek J, Cepák V, Kaštovský J, Sulek J (2004): What are the cyanobacterial genera Cyanothece and Cyanobacterium ? Contribution to the combined molecular and phenotype taxonomical evaluation of cyanobacterial diversity. Archiv fur Hydrobiologie / Algological Studies 113: 1-36.

Lukešová A, Hrouzek P, Kaštovský J, Hauer T, Lukeš M. (2004): Cryopreservation of soil algae and cyanobacteria at the Institute of Soil Biology AS CR. Phytopedon 3(1): 79-81.

Komárek J, Kaštovský J (2003): Coincidences of structural and molecular characters in evolutionary lines of cyanobacteria.  Archiv fur Hydrobiologie / Algological Studies, 109: 305-326.

Komárek J, Kaštovský J (2003): Adaptability in diversification process of cyanobacteria: the example of Synechococcus bigranulatus. Archiv fur Hydrobiologie / Algological Studies, 109: 299-304.

Kaštovský J, Hauer T, Lukavský J (2003): Sinice a řasy. www.sinicearasy.cz

Vymazal J, Komárková J, Kubečková K, Kaštovský J (2002): Změny složení nárostů v závislosti na koncentraci fosforu ve floridských Everglades. (Periphyton composition change along the phosphorus gradient in the Florida Everglades). Czech Phycology, 2: 83-92.

Beneš J, Kaštovský J, Kočárová R, Kočár P, Kubečková K, Pokorný P, Starec P (2002): Archaeobotany of the Old Prague Town defence system, Czech Republic: archaeology, macro-remains, pollen, and diatoms. Vegetation History and Archeobotany 11: 107-119.

Beneš J, Hajnalová M, Jankovská V, Kaštovský J, Kočár P, Kyncl T, Kočárová R, Pokorný P, Starec P (2001): Archeobotanické analýzy z výzkumu na stavbě hotelu Four Seasons, Praha, Alšovo nábřeží – Archäobotanische Analysen aus der Grabung auf dem Bauplatz des Hotels “Four Seasons Prague”, Aleš-Kai, Prag 1 – Altstadt. Zprávy ČSA 45, Archeologické výzkumy v Čechách 2000, 10-12.

Beneš J, Kaštovský J , Kubečková K (2001): Diatomární analýzy středověkých a raně novověkých vodohospodářských zařízení v západních a jižních Čechách v roce 2000: (Gutštejn, Chanovice, Cuknštejn) – Diatomanalysen der mittelalterlichen und frühneuzeitlichen wasserwirtschaftlichen Vorrichtungen in West-und Südböhmen im Jahre 2000 (Guttstein, Bez. Tachov / Tachau, Chanovice, Bez. Klatovy, Cuknštejn / Zuckenstein (Bez. České Budějovice / Budweis). Zprávy ČSA 45, Archeologické výzkumy v Čechách 2000, 13-14.

Kaštovský J, Komárek J (2001): Phototrophic microvegetation of thermal springs in Karlovy Vary, Czech Republic. In: Elster J, Seckbach J, Vincent  WF, Lhotský O (eds.): Algae and extreme environments. Nova Hedwigia, Beih. 123:107-119.

Kubečková K, Elster J, Kaštovský J , Kanda H (2000): Diversity of soil algae along the East Brogger deglaciated moraine, Ny-Alesund, Svalbard. Hydrobotany Report 1997-2000, Academy of Sciences of the Czech Republic, Institute of Botany, Section of plant ecology at Třeboň. 19-20.

Kaštovský J , Kočár P, Kočárová R, Pokorný P, Beneš J, Starec P (1999): Předběžné poznatky o některých vodotečích na území Starého a Nového Města pražského – Vorläufige Erkenntnisse von Wasserläufen auf dem Gebiet der Prager Alt-und Neustadt. Archaeologica historica 24, 143 – 150.

Pokorný P, Kočárová R, Kočár P, Kubečková K, Kaštovský J, Beneš J (1999): Postmedievální archeobotanika v Praze. Zprávy České Archeologické společnosti, Suppl.38, 20-21.

Beneš J, Kaštovský J (1998): Význam analýzy druhového spektra rozsivek (Bacillariophyceae) pro archeologii (The use of diatom (Bacillariophyceae) analysis in archeology).  Archeologické rozhledy, vol. 50, 845-850.

Beneš J, Kaštovský J , Majer A (1998): Pozdně středověká štola ve Vimperku: příspěvek archeobotaniky k určení funkce vodovodního díla (A Late Medieval Adit in Vimperk, Czech Republic: Archaeological and Diatom Analyis).  Archeologické rozhledy, vol. 50, 851-861.

Kaštovský J (1997): Řasy v Mladečských a Javoříčských jeskyních (Algae Flora in Mladeč and Javoříčko Caves). Živa 3/97 : 101-102.

2022-2024: řešitel grantu OPSEC VK01010069 "Využití analýzy druhového složení společenstev rozsivek (Bacillariophyceae) ve forenzní praxi.“

2022-2024: spolupracovník na grantu GAČR 22-06374S "Sjednocení systematiky pomocí harmonizace polyfázické a genomové taxonomie", hlavní řešitel Jan Mareš

2019 - 2022: řešitel grantu Inter Action LTAUSA18 "Fylogenetické zhodnocení obtížně kultivovatelných rodů sinic pomocí metody single-cell sequencing"

2016 - 2018: řešitel projektu IP 2016-18/28 "Podpora odborné výuky a zapojení studentů do tvůrčí činnosti"

2015 - 2017: spolupracovník na grantu GAČR 15-11912S Fylogenetické vymezení rodů sinic pomocí multilokusové analýzy typových druhů, řešitel prof. Johansen

2012 - 2014: řešitel grantu KONTAKT II/ AMVIS LH 12100 "Diverzita sinic tropických a subtropických biomů"

2012: řešitel grantu FRVŠ 713/2012 "Zavedení kurzu Fykologické determinační praktikum"

2008 - 2010: spolupracovník na grantu GA ČR 206/08/0318 "Fylogenetické vztahy, diverzita a ekologie heterocytózních sinic s polarizovanou stélkou, hlavní řešitel prof. Jiří Komárek

2008: řešitel grantu FRVŠ 88/2008 "Inovace algologických předmětů na PřF JU"

2007: řešitel grantu FRVŠ 2007/920 "The modern approach to taxonomy of Diatoms – cyklus přednášek prof. J.R. Johansen."

2004 - 2006: juniorský badatelský grant GA AV B6141404 "Polyfázický přístup k fylogenezi sinic (Cyanobacteria)"

2005: řešitel grantu FRVŠ 2005/1751 "Přednáškový pobyt prof. J. R. Johansena"

2003: spoluřešitel grantu FRVŠ 2003/1829 "Výuková webová stránka Sinice a řasy. cz." 

2000: Botanická expedice na Roraima Tepui, Venezuela, grant Sigma-Xi, USA  

1995 - 1997: The thermal vegetation in the hot springs in Karlovy Vary, Czech Republic. Mattoni award, USA/ČR

1994 - 1995: The algae flora in Mladeč and Javoříčko Caves, Czech Republic. Mattoni award, USA/ČR