lIDÉ

Střední škola:

2011 - 2019: Gymnázium J. V. Jirsíka, České Budějovice

Vysoká škola:

Bakalářské studium: 

• 2020 - 2022: Přírodovědecká fakulta JU

Bakalářská práce: Fylogeneze a taxonomie vybraných druhů sinic čeledi Merismopediaceae s využitím metody single cell sequencing  

Školitel: Jan Kaštovský

Cíle práce: 

• vyizolovat jednotlivé buňky zájmových sinic z vlastních vzorků i získaných kmenů ze světových sbírek a udělat k nim morfologickou okumentaci;

• tyto získané buňky použít jako materiál pro izolaci DNA, získat jejich sekvenci;

• fylogeneticky získaná data vyhodnotit.

Magisterské studium: 

• 2022 - dosud: Přírodovědecká fakulta JU

Bakalářská práce: Polyfázická analýza fylogenetických vztahů rodů Merismopedia a Microcrocis.

Školitel: Lenka Štenclová

Cíle práce: 

• Izolovat maximální množství přírodních vzorků cílových rodů

• Pokusy o jejich kultivaci

•   Ze všech získaných materiálů získat fylogenetická data

•   Vyhodnotit „species koncept“ obou rodů

Doktorské studium: 

• 2024 - dosud: Přírodovědecká fakulta JU

Disertační práce: Polyfázický přístup k diverzitě termofilních sinic 

Školitel: Jan Kaštovský

Cíle práce: 

• popsat pro vědu nové taxony sinic z albánských termálních pramenů pomocí polyfázického přístupu;

• popsat nové taxony z Yellowstone NP pomocí polyfázického přístupu, případně již morfologicky popsané druhy obohatit o molekulární a ultrastrukturní data, tyto organismy kultivovat;

• ukotvit rod Phormidium na základě autentického materiálu z jeho typové lokality v Karových Varech. Tento druh kultivovat, epitypifikovat, získat zejména jeho molekulární a ultrastrukturní data, druh následně taxonomicky ošetřit;

• ověřit vzájemnou příbuznost rodů Mastigocladus a Fischerella, resp. jejich typových druhů M. laminosus a F. thermalis na základě morfologicky autentického materiálu obou druhů nejlépe pocházejícího z jediné lokality.

• ověřit teorii o biogeografii termálních sinic pomocí analýzy genu pro 16S rRNA a genomických dat vlastních i veřejně dostupných.

 Obory vědeckého zájmu:

• taxonomie a fylogeneze sinic

 Vědečtí zaměstnavatelé:

• 2024-dosud: Biologické centrum AV ČR, HBÚ

• 2022 - 2024: Katedra botaniky, PřF JU, České Budějovice

• 2019 - 2020: Biologické centrum AV ČR, SoWa

Granty:

• 2024 - 2025: SS07020018 „Algal meadows: bioremediation technology for ecological restoration of aquatic habitats“, Technik

• 2023 - dosud: GAČR 22-06374S "Sjednocení systematiky pomocí harmonizace polyfázické a genomové taxonomie", technik

• 2023: Studentská grantová agentura PřF JU " Polyfázická analýza vzájemných fylogenetických vztahů rodů Merismopedia a Microcrocis (Cyanobacteria)", řešitel

• 2022: LTAUSA-18008: "Fylogenetické zhodnocení obtížně kultivovatelných rodů sinic pomocí metody single-cell sequencing", technik 

• 2021: Studentská grantová agentura PřF JU "Fylogeneze a taxonomie vybraných druhů sinic s využitím metody single cell sequencing", řešitel

Konference:

• Pokorný, J., Johansen, J., Kaštovský, J. (2025) Warm springs, cool discoveries: uncharted diversity of Cyanobacteria from low- and mid-temperature thermal habitat (přednáška). 66th International Meeting of the Czech Phycological Society, České Budějovice, Česko

• Pokorný, J., Johansen, J.R., Kaštovský, J. (2025) What’s cooking: Polyphasic characterisation of Cyanobacteria from warm springs and revisiting the type species of Phormidium (přednáška). 79th annual PSA meeting, San Juan, Puerto Rico.

• Pokorný, J., Johansen, J.R., Kaštovský, J. (2025) Deeper into the pot: Unveiling the hidden diversity of Cyanobacteria in hot and warm springs (poster). 79th annual PSA meeting, San Juan, Puerto Rico.

• Pokorný, J. (2024) Za divotvornými sinicemi teplých a teplejších pramenů (přednáška). 34. ročník studentské minikonference Chantransia, Rejvíz, Česká republika.

• Pokorný, J., Štenclová, L., Kaštovský, J. (2024) How far can convergent evolution go: the case of Merismopedia and Microcrocis (Cyanobacteria). 12th European Workshop on the Biology of Cyanobacteria, Sevilla (Španělsko).

• Pokorný, J. (2023) Polyphasic analysis of the phylogenetic relationship of the genera Merismopedia and Microcrocis (Cyanobacteria) (přednáška). 33. ročník studentské minikonference Chantransia, Telč, Česká republika.

• Pokorný, J.; Kaštovský, J. a Štenclová, L. (2023) New insights into the phylogenetic relationship of the Merismopedia and Microcrocis (Cyanobacteria) genera (přednáška). 8th European Phycological Congress, Brest, Francie.

• Pokorný, J.; Štenclová, L. a Kaštovský, J. (2023) New insights into the phylogenetic relationship of the Merismopedia and Microcrocis (Cyanobacteria) genera (přednáška). 64th Meeting of the Czech Phycological Society, Praha, Česká republika.

• Pokorný, J. (2022) Brief contribution to the taxonomy and phylogeny of the family Merismopediaceae (přednáška). 32. ročník studentské minikonference Chantransia, Josefův Důl, Česká republika.

• Pokorný, J., Štenclová, L. & Kaštovský, J. (2022) Brief contribution to the taxonomy and phylogeny of the family Merismopediaceae – the plot thickens (přednáška). 22nd Symposium of the International Association of Cyanophyte/Cyanobacteria Research, České Budějovice, Česká republika.

• Pokorný, J. (2021) Phylogeny and taxonomy of selected cyanobacteria species using single cell sequencing (přednáška). 31. ročník studentské minikonference Chantransia, Tokániště, Česká republika.

Publikace: 

• Pokorný, J., Vondrášková, A., Wipplingerová, M., Kaštovský, J. (2025): Four novel taxa of cyanobacteria from a unique thermalcave habitat in Vromoner Canyon, Albania, Journal of Phycology, 2025,00:1–29, https://doi.org/10.1111/jpy.70082   

• Wipplingerová, M., Pokorný, J. & Kaštovský, J. (2025) Cyanobacteria and algae from Chýnov and Koněprusy caves (Czech Republic). International Journal of Speleology, 54(1), ijs2514. https://doi.org/10.5038/1827-806X.ijs2514 

• Pokorný, J., Štenclová, L., Kaštovský, J. (2023): Unsuspected findings about phylogeny and ultrastructure of the enigmatic cyanobacterium Microcrocis geminata resulted in its epitypification and novel placement in Geminocystaceae. Fottea 23(1): 110-121.  https://doi.org/10.5507/fot.2022.016

• Angst, G., Pokorný, J., Mueller, C.W., Prater, I., Preusser, S., Kandeler, E., Meador, T., Straková, P., Hájek, T., van Buiten, G., Angst, Š. (2021): Soil texture affects the coupling of litter decomposition and soil organic matter formation. Soil Biology and Biochemistry 159, https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2021.108302